1. Phân loại hồ sơ hoàn thuế theo Thông tư 89/2026/TT-BTC
Căn cứ theo Điều 48 Thông tư 89/2026/TT-BTC, hồ sơ hoàn thuế được phân loại thành 02 diện:
Diện 1: Kiểm tra trước hoàn thuế tại trụ sở người nộp thuế
Cơ quan thuế sẽ tiến hành kiểm tra trực tiếp tại trụ sở người nộp thuế trước khi ban hành quyết định hoàn thuế đối với các trường hợp:
- Hồ sơ hoàn thuế lần đầu:
- Hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư (theo từng dự án).
- Hoàn thuế GTGT đối với hoạt động xuất khẩu.
- Hoàn thuế GTGT đối với cơ sở kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế suất 5%.
- Hoàn thuế GTGT thuộc chương trình, dự án sử dụng vốn ODA hoặc nguồn vốn viện trợ không hoàn lại không thuộc ODA.
- Hoàn thuế GTGT hàng hóa, dịch vụ mua trong nước bằng nguồn viện trợ quốc tế khẩn cấp khắc phục thiên tai.
- Hoàn thuế tiêu thụ đặc biệt (TTĐB) đối với xăng sinh học.
- Hồ sơ trong thời hạn 02 năm kể từ thời điểm người nộp thuế bị xử lý về hành vi trốn thuế.
- Hồ sơ hoặc một phần số tiền đề nghị hoàn có rủi ro cao trong quản lý thuế.
- Hồ sơ giải thể, phá sản: Doanh nghiệp, tổ chức có số thuế GTGT chưa khấu trừ hết khi tiến hành thủ tục giải thể hoặc phá sản.
Diện 2: Hoàn thuế trước, kiểm tra sau
Áp dụng cho tất cả các hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế không thuộc các trường hợp kiểm tra trước nêu trên.
2. Các trường hợp không thực hiện hoàn thuế từ ngày 01/7/2026
Theo Điều 29 Nghị định 252/2026/NĐ-CP, cơ quan thuế không thực hiện hoàn thuế trực tiếp mà áp dụng cơ chế bù trừ vào số thuế phải nộp của kỳ tính thuế tiếp theo trong các trường hợp sau:
- Cá nhân có số thuế nộp thừa sau quyết toán thuế TNCN (từ tiền lương, tiền công) trên hồ sơ quyết toán hằng năm từ 50.000 đồng trở xuống.
- Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh có số thuế nộp thừa cả năm trên hồ sơ khai/quyết toán thuế từ 50.000 đồng trở xuống.
3. Quy định về thu hồi hoàn thuế (Điều 54 Thông tư 89/2026/TT-BTC)
Căn cứ Điều 54 Thông tư 89/2026/TT-BTC, các trường hợp thu hồi hoàn thuế và nghĩa vụ liên quan được xử lý như sau:
- Trường hợp cơ quan có thẩm quyền phát hiện qua thanh tra, kiểm tra: Khi cơ quan thuế hoặc cơ quan nhà nước có thẩm quyền phát hiện số tiền thuế đã hoàn không đúng quy định, người nộp thuế phải nộp lại toàn bộ số tiền đã được hoàn thừa vào Ngân sách Nhà nước theo Quyết định thu hồi hoàn thuế (Mẫu số 03/QĐ-THH). Đồng thời, người nộp thuế phải nộp tiền chậm nộp và nộp tiền phạt vi phạm hành chính về thuế theo quyết định xử phạt của cơ quan thuế.
- Trường hợp người nộp thuế tự phát hiện sai sót: Người nộp thuế phải chủ động thực hiện khai bổ sung hồ sơ khai thuế, nộp lại số tiền đã được hoàn thừa vào Ngân sách Nhà nước và nộp tiền chậm nộp tương ứng theo quy định.
- Trường hợp hàng hóa xuất khẩu đã hoàn thuế GTGT nhưng bị trả lại: Người nộp thuế phải lập hồ sơ khai bổ sung, nộp lại số tiền thuế đã hoàn tương ứng với lượng hàng xuất khẩu bị trả lại và nộp tiền chậm nộp. Trường hợp này người nộp thuế không bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế.
Những điểm doanh nghiệp cần lưu ý
- Chủ động rà soát hồ sơ lần đầu: Do thuộc diện kiểm tra trước, doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ hợp đồng, chứng từ thanh toán qua ngân hàng, hóa đơn đầu vào - đầu ra và hồ sơ hải quan để rút ngắn thời gian giải quyết.
- Theo dõi hàng xuất khẩu bị trả lại: Kịp thời khai bổ sung và nộp lại tiền thuế GTGT đã hoàn ngay khi phát sinh hàng bị trả lại nhằm hạn chế tối đa tiền chậm nộp phát sinh.
- Tối ưu hóa quản lý số thuế nộp thừa nhỏ lẻ: Với số tiền nộp thừa dưới 50.000 đồng của hộ kinh doanh và cá nhân, cần theo dõi trên hệ thống để thực hiện bù trừ tự động cho kỳ tiếp theo thay vì lập hồ sơ hoàn tiền.