I. 06 Thay Đổi Cốt Lõi Về Thủ Tục Chấm Dứt Hiệu Lực Mã Số Thuế
1. Bổ sung các trường hợp chấm dứt hiệu lực MST mới
Trên cơ sở kế thừa Luật Quản lý thuế 2019, Thông tư 90/2026/TT-BTC đã cụ thể hóa trường hợp chấm dứt MST đối với hoạt động dầu khí, đồng thời mở rộng thêm 02 đối tượng mới:
- Tổ chức chủ quản nền tảng thương mại điện tử (TMĐT), nền tảng số: Chấm dứt MST khi không còn chức năng đặt hàng trực tuyến và chức năng thanh toán (Điểm g Khoản 2 Điều 13).
- Nhà cung cấp nước ngoài (NCCNN): Chấm dứt MST khi chấm dứt hoạt động kinh doanh tại Việt Nam (Điểm h Khoản 2 Điều 13).
2. Kế thừa và chuẩn hóa hệ thống nguyên tắc chấm dứt MST
Thông tư bổ sung rõ ràng các nguyên tắc pháp lý nền tảng khi chấm dứt MST (Khoản 3 Điều 13) nhằm tạo cơ sở pháp lý thống nhất cho cả cơ quan thuế và người nộp thuế (chi tiết tại Mục II bên dưới).
3. Cắt giảm thủ tục cho Doanh nghiệp/Hợp tác xã bị chia, sáp nhập, hợp nhất
- Điểm mới: Bỏ quy định bắt buộc doanh nghiệp, hợp tác xã phải nộp hồ sơ đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp trước khi nộp hồ sơ chấm dứt hoạt động do bị chia, sáp nhập, hợp nhất tại cơ quan đăng ký kinh doanh (Khoản 5 Điều 13).
- Trình tự xử lý liên thông giữa Cơ quan Thuế và Cơ quan Đăng ký kinh doanh cũng được sửa đổi để đồng bộ hoàn toàn với Nghị định 168/2025/NĐ-CP về đăng ký doanh nghiệp.
4. Cơ chế xử lý hồ sơ giải thể "ngâm" quá 180 ngày
Nhằm giải quyết dứt điểm các trường hợp tồn đọng, điểm e Khoản 3 Điều 15 quy định:
- Nếu cơ quan thuế đã ra Thông báo hoàn thành nghĩa vụ thuế (Mẫu 28/TB-ĐKT) để doanh nghiệp làm thủ tục giải thể, nhưng quá 180 ngày kể từ ngày nhận thông tin quyết định giải thể mà chưa nhận được cập nhật "đã giải thể" từ cơ quan đăng ký kinh doanh;
- Cơ quan thuế sẽ gửi văn bản đề nghị cơ quan đăng ký kinh doanh chuyển trạng thái pháp lý sang “Đã giải thể”, làm căn cứ để chấm dứt hiệu lực MST trên Hệ thống ứng dụng đăng ký thuế.
5. Cập nhật trạng thái MST do sắp xếp tổ chức bộ máy nhà nước
Đối với các cơ quan, tổ chức chấm dứt tồn tại do sắp xếp lại bộ máy nhưng chưa làm thủ tục đóng MST, cơ quan thuế sẽ chủ động cập nhật trạng thái (Khoản 9 Điều 15):
- Trạng thái "Người nộp thuế ngừng hoạt động nhưng chưa hoàn thành thủ tục chấm dứt hiệu lực MST" (Dựa trên quyết định sắp xếp tổ chức).
- Chuyển sang "Người nộp thuế ngừng hoạt động và đã hoàn thành thủ tục..." ngay khi đơn vị hoàn thành nghĩa vụ thuế.
6. Rút ngắn thời gian & đơn giản hóa thủ tục đối với NNT không hoạt động tại địa chỉ đăng ký
- Thời gian xử lý siêu tốc: Trong vòng 01 ngày làm việc kể từ khi nhận đủ hồ sơ, cơ quan thuế sẽ chuyển trạng thái MST (và các đơn vị phụ thuộc) sang trạng thái 06-Lý do 03 ("NNT không hoạt động tại địa chỉ đăng ký và có hồ sơ chấm dứt hiệu lực MST").
- Bỏ khâu xác minh thực địa: Cơ quan thuế sẽ lập danh sách nghĩa vụ thuế/hóa đơn còn thiếu, thực hiện xử phạt vi phạm (nếu có) mà không bắt buộc phải xuống xác minh tình trạng hoạt động thực tế tại địa chỉ đăng ký.
- So với quy định cũ (Thông tư 86/2024/TT-BTC): Trước đây, NNT buộc phải hoàn thành xong mọi nghĩa vụ thuế, phạt vi phạm thì mới được chuyển sang trạng thái 06-Lý do 03.
II. 04 Nguyên Tắc Cần Nắm Rõ Khi Chấm Dứt Hiệu Lực Mã Số Thuế
Khi thực hiện chấm dứt MST theo Thông tư 90/2026/TT-BTC, Quý doanh nghiệp cần lưu ý 04 nguyên tắc bắt buộc sau (Khoản 3 Điều 13):
- Ngừng sử dụng: MST không được phép sử dụng trong các giao dịch kinh tế/thuế kể từ ngày cơ quan thuế ra thông báo chấm dứt hiệu lực.
- Không tái sử dụng: MST của tổ chức khi đã đóng sẽ không được cấp lại cho tổ chức khác (trừ trường hợp được cơ quan thuế khôi phục MST theo quy định).
- Đồng bộ MST nộp thay: Khi doanh nghiệp/tổ chức/cá nhân chấm dứt MST chính thì đồng thời phải làm thủ tục chấm dứt hiệu lực đối với các MST nộp thay.
- Ảnh hưởng đến đơn vị phụ thuộc: Khi đơn vị chủ quản bị chấm dứt hiệu lực MST, tất cả các đơn vị phụ thuộc (chi nhánh, văn phòng đại diện...) đều phải bị chấm dứt hiệu lực MST theo.
III. Lời Khuyên Từ Chuyên Gia Tư Vấn Cho Doanh Nghiệp
Những thay đổi tại Thông tư 90/2026/TT-BTC mang lại nhiều điểm tích cực về mặt thời gian và thủ tục, nhưng cũng đặt ra yêu cầu cao hơn về tính chính xác và tuân thủ pháp luật.
Để tránh rủi ro phát sinh tiền phạt chậm nộp, các khoản nợ thuế đọng hoặc tắc nghẽn giao dịch khi tái cấu trúc, doanh nghiệp nên:
- Rà soát lại danh sách hóa đơn, nghĩa vụ thuế trước khi nộp hồ sơ chấm dứt MST.
- Đồng bộ lộ trình đóng MST của trụ sở chính và các chi nhánh/đơn vị phụ thuộc.
- Tham vấn dịch vụ chuyên nghiệp đối với các trường hợp phức tạp như sáp nhập, chia tách, hoặc doanh nghiệp TMĐT/Nhà cung cấp nước ngoài.